中川 草
ナカガワ ソウ
- 准教授
- 学位：博士（理学）
基本情報
所属
- 医学部 / 医学科
- 医学研究科 / 先端医科学専攻
- 医学研究科 / 医科学専攻
- マイクロ・ナノ研究開発センター
研究と関連するSDGs
研究内容
大規模DNA配列情報を活用したウイルスから哺乳類までの比較ゲノム解析
近年のDNA配列技術と情報解析技術の発展を受けて、私は以下のような研究に取り組んでいる。(1)様々な環境・生物からのメタゲノム・トランスクリプトームデータをもとにそこに存在するウイルスの網羅的同定と比較解析、(2)人獣共通感染症ウイルス（HIVなど）の突然変異と感染性などに関する解析、(3)ヒトゲノムなど様々な生物のゲノムに内在化したウイルス由来の配列を中心としたエレメント解析、(4)バイオインフォマティクスやゲノム進化に関わる研究。以上の研究により、様々な感染症、生命の発生や疾患に関連する遺伝子レベルでのメカニズムの解明とその応用に取り組む。
詳細情報
研究キーワード
- 多重遺伝子族
- 人獣共通感染症
- メタゲノム
- ウイルス進化
- 内在性レトロウイルス
- レトロトランスポゾン
- バイオインフォマティクス
- レトロウイルス
- 比較ゲノム
- 分子進化
研究分野
- 情報通信 生命、健康、医療情報学
- ライフサイエンス ウイルス学
- ライフサイエンス 遺伝学
- ライフサイエンス ゲノム生物学
- ライフサイエンス 進化生物学
委員歴
- Virus Evolution Associate Editor
- 日本進化学会 web担当
- FEBS Open Bio Associate Editor
- Frontiers in Virology Associate Editor
- 日本進化学会 代議員
受賞
- 日本遺伝学会 研究奨励賞
- 公益財団法人日本デザイン振興会 グッドデザイン賞 8Kデータビジュアライゼーション [新型コロナウイルスの進化地図]
- 一般社団法人 可視化情報学会 第33期学会賞（技術賞） 新型コロナウイルスゲノム系統樹の3次元可視化
- 一般社団法人 可視化情報学会 第49回可視化情報学会シンポジウムアートコンテスト 大賞 新型コロナウイルスゲノム系統樹の3次元可視化
- 松前重義学術奨励賞
- 日本進化学会 研究奨励賞
論文
NeoRdRp2 with improved seed data, annotations, and scoring
書籍等出版物
- 実験医学 2023年9月号 EVE研究に役立つデータベース
- 実験医学 2022年4月号 新型コロナウイルスのゲノム解析
- メタゲノムデータ解析 : 16Sも!ショットガンも!ロングリードも!菌叢解析が得意になる凄技レシピ
- ロングリードWET&DRY解析ガイド : シークエンスをもっと自由に! : リピート配列から構造変異、ダイレクトRNA、de novoアセンブリまで、研究の可能性をグンと広げる応用自在な最新技術 : どこでも、誰でも、今日から使える!
- ヒト以外の遺伝子に関連する研究 新型コロナウイルスのゲノム
- ネオウイルス学
- 実験医学増刊「パンデミック時代の感染症研究」 新型コロナウイルスのゲノム進化
- 生物の科学遺伝 新型コロナウイルスの遺伝子と変異
- 胎盤の進化や多様性に関与するレトロトランスポゾン
- 【レトロトランスポゾンと内在性ウイルス-機能と疾患】内在性ウイルス配列のデータベースを活用したバイオインフォマティクス解析
- ネオウイルス学 大量シークエンス解析によって明らかになるウイルスの素顔 新型コロナウイルスを含めて
- 医学のあゆみ レトロトランスポゾンと内在性ウイルス-機能と疾患 273巻12号 [雑誌]
- 新型コロナウイルスSARS-CoV-2の比較ウイルス学と比較ゲノム解析
- 感染症医療の未来を拓く新たな検査 ナノポアDNAシークエンサーを用いた迅速な細菌同定法
- 医学のあゆみ AIは画像診断を変えるか? 2018年 267巻4号[雑誌]
- 遺伝・ゲノム学 新しいゲノム解析システムによる細菌感染症診断
- 獣医微生物学 第4版
- ナノポアシーケンサーを活用した感染症細菌叢ゲノムの迅速解析
- ナノポアシークエンサーが研究の常識を変える!リピート数が関与する疾患の診断に向けて サブテロメア領域のD4Z4マクロサテライトリピートを読む
- ナノポアシークエンサーが研究の常識を変える!迅速な細菌種の組成解析
講演・口頭発表等
- 大規模塩基配列データ解析によるRNAウイルス研究 - 新型コロナウイルスを含めて
- SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotypes spread in Japan
- 大腸がんで発現するHERV由来タンパク質の局在と機能の解析
- NeoRdRp 2.0: 新規大規模RdRpシード配列データセットによるパフォーマンスの向上
- Dynamic Evolution of Retroviral Envelope Genes in Egg-Laying Mammalian Genomes
- 大規模塩基配列が明らかにするRNAウイルスの多様性と進化
- Genes downstream of ORF3 determine the replicative ability of SARS-CoV-2 in the lower respiratory airways of hamsters
- 哺乳類におけるウイルス由来の遺伝子の多様な進化
- 単孔類ゲノムに内在化するレトロウイルス膜タンパク質の多様な進化
- Diversity and dynamic evolution of RNA viruses revealed by massive nucleotide sequence data
- SARS-CoV-2 HaploGraph: 日本国内でのSARS-CoV-2ハプロタイプの広がりの可視化
- オミクロン BA.2のウイルス学的特徴を規定する変異の探索
- Genomic diversity of SARS-CoV-2 can be accelerated by mutations in the nsp14 gene
- NeoRdRpデータベース – 多様なRNAウイルスの同定を目指して
- 卵生哺乳類ゲノムに内在化したレトロウイルス由来のエンベロープタンパク質の細胞融合活性
- 大規模シークエンスデータ解析が明らかにするRNAウイルスの生態系
- RNAウイルス叢検索データセット”NeoRdRp”を用いた海洋メタトランスクリプトーム解析
- 急性骨髄性白血病の内在性ウイルス発現はイノシトールリン酸代謝系酵素の発現と相関する
- 大規模遺伝情報解析が明らかにするウイルスの多様性
所属学会
- 可視化情報学会
- 日本微生物生態学会
- 生き物文化誌学会
- 日本ウイルス学会
- 日本バイオインフォマティクス学会
- 日本分子生物学会
- 日本遺伝学会
- 日本進化学会
- Society for Molecular Biology and Evolution
- 日本オミックス医学会
共同研究・競争的資金等の研究課題
哺乳類ゲノムに内在化したレトロウイルス由来の遺伝子の進化メカニズムの解明
大規模バイローム解析システムの構築および新規同定ウイルスの分子進化解析
真核生物に内在化したレトロウイルス以外のウイルス様配列のマルチオミクス解析
大量塩基配列データを用いた機能性内在性ウイルス配列の比較ゲノム解析
哺乳類29種の内在性ウイルス配列の比較ゲノム進化解析
蛋白質の翻訳開始制御機構のゲノム進化解析
メディア報道
- 新型コロナ研究 新たなスタイルで成果連発
- コロナ進化、緩やかなる怖さ
- ウイルス専門家に聞く「コロナ変異株の正しい恐れ方」
- This 'double mutant' variant is adding fuel to India's COVID-19 crisis
- "ウイルス" それは悪魔か天使か
- Decoding the Coronavirus Genome
- 絶滅か、進化か コアラに入り込むウイルス
- 人体 vs ウイルス
- サイエンスZERO「“withコロナ時代”に いまこそ知りたいウイルスの正体」
- 生物の進化促進、生態系調節の役割も ウイルスの「存在意義」の解明進む
- 新型コロナウイルス ビッグデータで闘う
- サイエンスZERO「新型コロナ論文解析SP」
- 私たちとともにあるウイルスという他者
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学長室（広報担当）
Tel. 0463-63-4670（直通）